A vizek állapota
 
Felszíni vizek

A megye felszíni vízfolyásokban gazdag, a legnagyobb felszíni vízfolyása a Duna folyam, amelybe a Sió és a Szekszárd-Bátai főcsatorna, mint fő vízfolyások torkollanak. A Sió vízjárását szakaszosan a balatoni vízleeresztések is befolyásolják. A kisebb vízfolyásokat gyűjtő Kapos, Koppány és Völgységi-patak a Sióba torkollanak. A megyében számos nagyfelületű természetes állóvíz található, amelyekből a legjelentősebbek a Duna holtágak. A kis vízfolyások völgyeiben jó adottságok és lehetőségek találhatók mesterséges állóvizek kialakításához. A legjelentősebb állóvizek: Fadd-Dombori-holtág, Tolnai-holtág, Bogyiszlói-holtág, Szálkai-tórendszer.
 
Árvízvédelem, belvízvédelem

Hazánk a Kárpát-medence alján fekszik, a környező területekről is ide futnak össze a vizek. A megye árvizek elleni védelmét alapvetően a Duna menti mély fekvésű területek (ártéri öblözetek) veszélyeztetettsége határozza meg. Ugyanakkor a kis vízfolyások esetében is megfelelő árvízvédelmi létesítmények szükségesek. Tolna megye I. rendű árvízvédelmi fővonalainak hossza 211 km, amelynek csak kb. háromnegyede felel meg az előírásoknak. A mentesített ártéri öblözetek nagysága 58 800 ha. A legtöbb feladatot az I. rendű árvízvédelmi fővonalakat 277 helyen keresztező ősmedrek jelentik. E keresztezések altalaja erősen vízvezető, ezért szivárgásra fokozott mértékben hajlamosak, így külön-külön is lokális veszélyforrások. A nedves időjárási periódus hatására a víz a feláramlási zónákban a sokévi átlagnál jóval magasabban helyezkedett el, a legmélyebb fekvésű területeken a felszín fölé került. A belvíz egyes települések belterületén, ill. településrészein is tapasztalható, kialakulásához többek között a szennyvíz-szikkasztás is hozzájárult. 2000 januárjában a belvíz által érintett terület nagysága a megyében 16000 ha. A belvíz az alábbi településeken veszélyezteti a belterületeket, ill. az ott élő lakosságot: Őcsény, Bogyiszló, Sióagárd, Nagydorog, Németkér és Mőcsény. A csatornákkal nem rendelkező utcákban közegészségügyi problémát jelent a szennyvíz tároló aknák kiöntése, és a házak körüli területek szennyvízzel való elöntése. A megye területén 4 belvízvédelmi szakasz található, amelyek belvízzel veszélyeztetett összterülete 64.860 ha. A belvízvédelmi szakaszokon 172 km vízügyi igazgatósági, 148 km társulati, 43 km önkormányzati és 122 km üzemi ill. magán kezelésben lévő belvízcsatorna található. A belvízcsatornák többségének állapota nem megfelelő, azok fenntartását, felújítását nem végzik el. Az elhanyagolt, növénnyel benőtt csatornák nem alkalmasak a mértékadó vizek levezetésére. A legfontosabb a Szekszárd-Bátai főcsatorna felső szakaszának rendezése, Báta II. szivattyútelep bővítése, a Kapos-Kurd-Dombóvár közti szakasz belvizes depóniáinak magasítása, a nem megfelelő állapotú Nádor-csatorna zsilipjeinek felújítása. Tolna megyében az 1999. évi nyári esőzések utáni kárelhárítás központi állami keretből finanszírozott összege több mint fél milliárd forint volt.

Folyószabályozás

Tolna megye hajózható útja az év minden időszakában hajózható Duna mellett a Sió-csatorna is, amelynek a megyére eső hossza 96 km. A Sió-csatorna időszakosan a balatoni vízleengedések időszakában hajózható.

Dombvidéki vízrendezés

Tolna megye területén 332 km vízügyi igazgatósági kezelésben levő dombvidéki vízfolyás van, amelyből 55 %-a megfelelő állapotú.

Felszín alatti vizek

Talajvíz
A talajvizek Tolna megye mindegyik kistáján megtalálhatók. Átlagos mélységközük a megye nagy részén 0 m - 5 m - 30 m. A megye keleti részén, a Duna völgyében Bölcskétől Bogyiszlóig, ill. a Sárközben a talajvizek mélysége eléri a 40 m-t.

Rétegvíz
A megye azon területein, ahol az első vízadó réteg jelentős mértékben elszennyeződött, a mélyebben fekvő vízadó rétegekből kellett megfelelő hozamú vízbázisokat keresni. Ezek a rétegmélységek 20 m - 500 m között változnak.

Termálvizek
A 30oC-nál melegebb vizek, a hévizek csak mélyebb rétegekben találhatók meg. Tolna megyében átlagos mélységük 250 m - 500 m között változik. A már feltárt és a feltételezetten meglévő hévizek nemcsak idegenforgalmi, rekreációs, üdülés célú, illetve gyógyvízként történő egészségügyi felhasználásuk miatt jelentősek, hanem potenciális geotermikus energiaforrásokként is számba veendők.

Felszín alatti vizek védelme
Ivóvíz minőségű vízigények kielégítését (már igénybe vett, lekötött, vagy távlati hasznosításra kijelölt vízbázisok), ásvány- és gyógyvíz hasznosítását szolgáló víznyerőhelyek vízbázisát, vízi-létesítményeit teljes kapacitására minden szennyezés ellen védeni kell. Különösen fontos az olyan üzemelő sérülékeny vízbázisok védelme, amelyek vízkészlete a felszíni szennyezések ellen vízzáró rétegekkel nem védettek. A védelem érdekében védőidomot és védőterületet kell meghatározni övezetes formában. A kijelölt védőterületeken csak olyan tevékenység végezhető, amely a kitermelés előtt álló víz minőségét, mennyiségét, valamint a vízkitermelési folyamatot nem veszélyezteti. A vonatkozó rendelet szerint az üzemelő vízbázisok, vízi létesítmények esetén 2007. szeptember 1-ig kell kialakítani a védőterületeket. Tolna megye üzemelő sérülékeny vízbázisainál a hidrogeológiai védőövezet kijelölése megtörtént
 
Vissza